Mengintegrasikan genomik 3D dengan data genetik seluruh genom yang tersedia untuk umum, para peneliti menemukan korelasi genetik antara IBD, stres, dan depresi – ScienceDaily

Mengintegrasikan genomik 3D dengan data genetik seluruh genom yang tersedia untuk umum, para peneliti menemukan korelasi genetik antara IBD, stres, dan depresi – ScienceDaily


Menggunakan pemetaan genomik 3D yang canggih dan mengintegrasikan dengan data publik yang dihasilkan dari studi asosiasi seluruh genom (GWAS), para peneliti di Rumah Sakit Anak Philadelphia (CHOP) telah menemukan korelasi genetik yang signifikan antara penyakit radang usus (IBD) dan stres dan depresi. Para peneliti melanjutkan untuk mengimplikasikan gen baru yang terlibat dalam risiko IBD yang diperkaya di kedua neuron hipotalamus yang diturunkan, dari bagian otak yang memiliki peran penting dalam mengendalikan stres dan depresi, dan organoid yang berasal dari sel usus besar, wilayah yang lebih umum dipelajari. dalam konteks IBD.

Penemuan ini dipublikasikan di Gastroenterologi dan Hepatologi Seluler dan Molekuler.

“Hasil kami mengimplikasikan peran hipotalamus dalam kerentanan genetik terhadap IBD,” kata penulis senior Struan Grant, PhD, direktur Pusat Genomik Spasial dan Fungsional di CHOP dan Daniel B. Burke Endowed Chair for Diabetes Research. “Data epidemiologi sebelumnya menunjukkan tumpang tindih antara IBD dan stres dan depresi, dan sekarang kami telah menghasilkan data genomik untuk mendukung asosiasi itu. Hasil kami menunjukkan bahwa hipotalamus memerlukan studi lebih lanjut dalam konteks patogenesis IBD.”

IBD, yang mencakup penyakit Crohn (CD) dan kolitis ulserativa (UC), pada prinsipnya adalah kondisi yang dimediasi oleh sistem imun yang ditandai dengan peradangan saluran cerna yang tidak diatur. Perjalanan penyakit berkisar dari flare aktif kronis hingga flare intermiten atau langka. Berbagai faktor genetik dan lingkungan diketahui berkontribusi pada patogenesis IBD, termasuk lebih dari 230 lokus penyakit yang telah dilaporkan melalui analisis GWAS. Banyak gen yang berada di lokus ini telah terlibat dalam jalur yang terkait dengan sistem kekebalan dan mikrobioma.

Namun, ada juga bukti yang semakin meningkat untuk hubungan klinis IBD dengan stres dan depresi. Mengingat peran hipotalamus dalam respons stres dan patogenesis depresi, para peneliti memutuskan untuk mengeksplorasi peran genetik hipotalamus di IBD.

Untuk memulai, para peneliti melakukan analisis korelasi genetik antara IBD dan depresi untuk menilai tingkat kesamaan genetik antara kedua kondisi tersebut, menggunakan data yang tersedia untuk umum. Tim peneliti menggunakan depresi sebagai proksi untuk stres karena ada sejumlah upaya GWAS yang berfokus pada definisi stres yang konsisten, sedangkan sebaliknya, genetika depresi telah dipelajari dengan relatif baik, menghasilkan tubuh yang besar dan relatif seragam. pekerjaan.

Menganalisis sebelas penyakit autoimun untuk korelasinya dengan depresi, para peneliti menemukan IBD adalah sifat yang paling signifikan secara statistik berkorelasi positif dengan depresi, meskipun asma dan multiple sclerosis tercatat memiliki korelasi yang sangat tinggi juga.

Tim peneliti kemudian melakukan analisis lebih lanjut untuk memvalidasi korelasi antara IBD dan depresi. Pertama, mereka mengukur pengayaan varian genetik terkait IBD dalam pola genom 3D dalam neuron mirip hipotalamus (HN) dan kolonoid dari biopsi rektal dan menemukan peningkatan empat kali lipat yang sangat signifikan dalam HN dan peningkatan tujuh kali lipat di lebih baik. Pengaturan kolonoid yang diketahui. Para peneliti kemudian menggunakan pendekatan canggih “pemetaan varian-ke-gen” yang dirancang di CHOP untuk menentukan gen mana yang terlibat dalam patogenesis IBD pada sinyal yang diperkaya ini. Kemudian, menilai gen yang terlibat tersebut, para peneliti mencari jalur yang berpotensi dipengaruhi oleh varian genetik terkait IBD.

Melalui upaya pemetaan varian-ke-gen ini, para peneliti mengimplikasikan 25 gen dalam HN untuk memberikan risiko IBD. Sebelas dari gen tersebut memiliki fungsi yang diketahui di otak, khususnya CREM, CNTF, dan RHOA, yang merupakan gen yang menyandi pengatur utama stres. Tujuh dari gen tersebut juga terlibat dalam kolonoid. Dalam hal jalur, para peneliti mengamati pengayaan keseluruhan untuk jalur pensinyalan hormonal, di samping pengayaan yang diharapkan dalam jalur pensinyalan kekebalan dan mikrobioma.

“Kami mengusulkan bahwa beberapa varian terkait IBD mengubah sumbu hipotalamus-hipofisis-adrenal dan respons stres, yang pada gilirannya dapat berperan dalam predisposisi pasien terhadap penyakit ini dan memperburuk presentasi,” kata Grant. “Penelitian di masa depan diperlukan untuk menyempurnakan pemahaman kita tentang peran hipotalamus dalam onset IBD.”

Sumber Cerita:

Materi disediakan oleh Rumah Sakit Anak Philadelphia. Catatan: Konten dapat diedit untuk gaya dan panjangnya.

Untuk Informasi Lebih lanjut silahkan Kunjungi : Toto SGP

Author Image
adminProzen