Orgasme yang Segera Terjadi Pada Wanita Berhubungan Dengan Kaki Gelisah - ScienceDaily

Para peneliti telah mengembangkan metode untuk mengukur RNA transfer – ScienceDaily


Transfer RNA (tRNA) mengirimkan asam amino spesifik ke ribosom selama penerjemahan RNA pembawa pesan menjadi protein. Oleh karena itu, kelimpahan tRNA dapat berdampak besar pada fisiologi sel, tetapi mengukur jumlah setiap tRNA dalam sel telah dibatasi oleh tantangan teknis. Para peneliti di Institut Biokimia Max Planck kini telah mengatasi keterbatasan ini dengan mim-tRNAseq, metode yang dapat digunakan untuk mengukur tRNA dalam organisme apa pun dan akan membantu meningkatkan pemahaman kita tentang regulasi tRNA dalam kesehatan dan penyakit.

Sebuah sel mengandung beberapa ratus ribu molekul tRNA, yang masing-masing hanya terdiri dari 70 hingga 90 nukleotida yang terlipat menjadi pola seperti daun semanggi. Di satu ujung, tRNA membawa salah satu dari dua puluh asam amino yang berfungsi sebagai blok pembangun protein, sedangkan ujung yang berlawanan berpasangan dengan kodon yang menentukan asam amino ini dalam RNA pembawa pesan selama penerjemahan. Meskipun hanya ada 61 kodon untuk dua puluh asam amino, sel dari organisme yang berbeda dapat mengandung ratusan molekul tRNA yang unik, beberapa di antaranya berbeda satu sama lain hanya dengan satu nukleotida. Banyak nukleotida dalam tRNA juga dihiasi dengan modifikasi kimiawi, yang membantu tRNA melipat atau mengikat kodon yang benar.

Tingkat tRNA individu diatur secara dinamis di berbagai jaringan dan selama perkembangan, dan cacat tRNA terkait dengan penyakit neurogis dan kanker. Asal mula molekuler dari hubungan ini masih belum jelas, karena mengukur kelimpahan dan modifikasi tRNA dalam sel telah lama menjadi tantangan. Tim Danny Nedialkova di MPI Biokimia kini telah mengembangkan mim-tRNAseq, sebuah metode yang secara akurat mengukur kelimpahan dan status modifikasi berbagai tRNA dalam sel.

Penghalang dan resolusi modifikasi

Untuk mengukur tingkat beberapa RNA secara bersamaan, para ilmuwan menggunakan enzim yang disebut reverse transcriptase untuk terlebih dahulu menulis ulang RNA menjadi DNA. Jutaan salinan DNA ini kemudian dapat dikuantifikasi secara paralel dengan sekuensing throughput tinggi. Menulis ulang tRNA menjadi DNA sangatlah sulit karena banyak modifikasi tRNA memblokir reverse transcriptase, menyebabkannya berhenti mensintesis DNA.

“Banyak penelitian telah mengusulkan solusi elegan untuk masalah ini, tetapi semuanya hanya meringankan sebagian kecil dari hambatan modifikasi di tRNA,” jelas Danny Nedialkova, Pemimpin Kelompok Penelitian Max Planck di Institut Biokimia Max Planck. “Kami memperhatikan bahwa satu reverse transcriptase tampaknya jauh lebih baik dalam membaca melalui situs tRNA yang dimodifikasi. Dengan mengoptimalkan kondisi reaksi, kami dapat meningkatkan efisiensi enzim secara signifikan, memungkinkannya membaca hampir semua penghalang jalan modifikasi tRNA,” tambah Nedialkova. Hal ini memungkinkan untuk membangun perpustakaan DNA dari salinan tRNA lengkap dan menggunakannya untuk pengurutan throughput tinggi.

Toolkit komputasi mim-tRNAseq

Analisis data sekuensing yang dihasilkan juga menghadirkan tantangan yang signifikan. “Kami mengidentifikasi dua masalah utama: yang pertama adalah kemiripan urutan yang luas antara transkrip tRNA yang berbeda,” jelas Andrew Behrens, mahasiswa PhD di kelompok Nedialkova dan penulis pertama makalah ini. “Yang kedua berasal dari fakta bahwa nukleotida yang salah (misincorporation) diperkenalkan di banyak situs yang dimodifikasi selama transkripsi terbalik. Keduanya membuatnya sangat menantang untuk menetapkan setiap pembacaan DNA ke molekul tRNA asalnya,” tambah Behrens.

Tim menangani masalah ini dengan pendekatan komputasi baru, termasuk penggunaan anotasi modifikasi untuk memandu penyelarasan bacaan yang akurat. Toolkit komprehensif yang dihasilkan dikemas ke dalam pipeline yang tersedia secara gratis untuk penyelarasan, analisis, dan visualisasi data sekuensing yang diturunkan dari tRNA. Para peneliti dapat menggunakan mim-tRNAseq untuk tidak hanya mengukur kelimpahan tRNA, tetapi juga untuk memetakan dan mengukur modifikasi tRNA yang menyebabkan misincorporations nukleotida oleh reverse transcriptase. “mim-tRNAseq membuka banyak kemungkinan untuk bergerak maju,” kata Nedialkova. “Kami berharap ini akan membantu kami dan orang lain untuk menjawab banyak pertanyaan luar biasa tentang biologi tRNA dalam kesehatan dan penyakit.”

Sumber Cerita:

Materi disediakan oleh Max Planck Society. Catatan: Konten dapat diedit gaya dan panjangnya.

Untuk Informasi Lebih lanjut silahkan Kunjungi : Lagu Togel