Peneliti di CHOP menemukan gen pendorong kanker yang kuat terkait dengan perubahan gen yang mengatur proses penyambungan – ScienceDaily

Peneliti di CHOP menemukan gen pendorong kanker yang kuat terkait dengan perubahan gen yang mengatur proses penyambungan – ScienceDaily


Sekelompok peneliti multi-institusi yang dipimpin oleh Children’s Hospital of Philadelphia (CHOP) telah mengaitkan gen pendorong kanker yang kuat dengan perubahan protein yang mengatur penyambungan alternatif. Para peneliti menciptakan alat komputasi baru dan sistem model biologis untuk studi tersebut. Penelitian kolaboratif ini, yang dipimpin oleh Yi Xing, PhD, di CHOP dan Owen Witte, MD, di University of California, Los Angeles (UCLA), diterbitkan hari ini di Prosiding National Academy of Sciences.

“Studi kami memberikan wawasan tentang hubungan antara gen pendorong kanker yang penting dan perubahan penyambungan alternatif yang dapat digunakan untuk memandu pengembangan terapi kanker bertarget penyambungan,” kata Xing, PhD, direktur Pusat Pengobatan Komputasi dan Genomik di CHOP dan penulis senior studi tersebut.

Upaya kolaboratif melibatkan para peneliti di CHOP, UCLA, dan Roswell Park Comprehensive Cancer Center. John Phillips, MD, PhD, peneliti di UCLA, dan Yang Pan, MS, sarjana tamu di CHOP dan mahasiswa pascasarjana di UCLA, adalah penulis pertama penelitian ini.

Penyambungan alternatif adalah proses penting yang memungkinkan satu gen mengkodekan banyak produk gen, berdasarkan tempat RNA dipotong, atau disambung, sebelum diterjemahkan menjadi protein. Sel kanker sering memanfaatkan proses ini untuk menghasilkan protein yang mendorong pertumbuhan dan kelangsungan hidup, memungkinkan mereka untuk bereplikasi dan bermetastasis secara tidak terkendali. Ini terjadi pada banyak jenis kanker, termasuk kanker prostat, yang berhubungan dengan perubahan pola sambungan. Namun para ilmuwan tidak sepenuhnya memahami proses yang mengarah pada perubahan ini.

Untuk lebih memahami penyebab dan konsekuensi dari perubahan penyambungan alternatif selama perkembangan kanker, tim melihat urutan RNA dari hampir 900 sampel jaringan prostat, mulai dari jaringan prostat yang sehat hingga jaringan tumor metastasis lokal atau agresif. Untuk menganalisis set data besar tersebut secara efisien, tim membuat program komputasi baru yang disebut rMATS-turbo. Dengan menggunakan program ini, para peneliti mengidentifikasi lebih dari 13.000 peristiwa penyambungan alternatif yang bervariasi di 900 sampel prostat ini.

Selanjutnya, tim mengembangkan alat analitik, yang diberi nama PEGASAS (Pathway Enrichment-Guided Activity Study of Alternative Splicing), untuk menemukan gen dan jalur pendorong kanker potensial yang berkorelasi dengan perubahan splicing alternatif ini. Mereka menemukan bahwa Myc, gen yang terlibat dalam fungsi sel normal dan diperkuat pada banyak kanker, terkait dengan perubahan splicing alternatif pada gen yang mengatur sendiri penyambungan alternatif. Menggunakan sel prostat manusia yang direkayasa untuk mengaktifkan atau menonaktifkan aktivitas Myc, para peneliti selanjutnya mengkonfirmasi bahwa perubahan splicing alternatif ini memang didorong oleh Myc.

Para peneliti kemudian menerapkan strategi PEGASAS yang sama untuk kumpulan data kanker payudara dan kanker paru-paru dan menemukan hubungan yang sama antara aktivitas Myc dan penyambungan alternatif, menunjukkan aktivasi Myc – dan dengan demikian gangguan dalam penyambungan – terjadi pada banyak kanker.

“Penerapan PEGASAS yang berhasil pada kumpulan data kanker prostat, payudara, dan paru-paru menunjukkan bahwa strategi ini dapat berguna dalam menganalisis penyambungan alternatif yang digerakkan oleh jalur pada banyak jenis kanker,” kata Xing. “Mengingat keterlibatan jalur onkogenik seperti jalur Myc pada kanker pediatrik, alat-alat ini dapat mengungkapkan jalur dan target untuk mengobati kanker pediatrik juga.”

Studi ini didukung sebagian oleh Immuno-Oncology Translational Network (IOTN) dari Cancer Institute’s Cancer Moonshot Initiative (hibah U01CA233074, U24CA232979), pendanaan National Cancer Institute lainnya (hibah R01CA220238, dan P50CA092131), bersama dengan pendanaan dari Parker Institute for Cancer Immunotherapy (hibah 20163828), Hibah Pelatihan Biologi Sel Tumor UCLA (T32CA009056), dan Program Penelitian Kanker Prostat di bawah Kantor Asisten Sekretaris Pertahanan untuk Urusan Kesehatan (hibah W81XWH-16-1-0216).

Untuk Informasi Lebih lanjut silahkan Kunjungi : Toto SGP

Author Image
adminProzen