Respon terhadap terapi infeksi lebih dipahami berkat teknik baru – ScienceDaily

Respon terhadap terapi infeksi lebih dipahami berkat teknik baru – ScienceDaily


Solusi berbasis pengurutan dapat digunakan untuk menentukan pembersihan infeksi dan pemulihan mikrobiota. Selanjutnya peneliti akan menerapkan teknik untuk menyelidiki penyakit virus corona.

Penyakit infeksi disebabkan oleh virus, bakteri, jamur, atau parasit patogen. Pengobatan infeksi bakteri dan jamur sangat bergantung pada obat antimikroba, sedangkan fokus dalam mengobati infeksi virus adalah pengurangan gejala.

Terapi awal untuk infeksi seringkali empiris dan dipandu oleh presentasi klinis. Kemanjurannya pada patogen, bagaimanapun, hanya jarang dipahami pada permulaan terapi. Walaupun ada metode untuk menilai tanggapan pengobatan, efektivitasnya terutama ditentukan melalui pemantauan gejala dan tanda infeksi.

Kemajuan teknologi sekuensing telah membuat karakterisasi genom dan produk ekspresi gen semakin praktis. Teknologi juga memungkinkan untuk mengidentifikasi komponen mikrobiota hingga tingkat spesies dan gen. Namun demikian, sekuensing mikrobiota hanya kadang-kadang digunakan dalam pengobatan infeksi.

Sekarang, para peneliti di Universitas Helsinki, bersama dengan kolaborator mereka di Rumah Sakit Universitas Helsinki, mengembangkan pendekatan berbasis pengurutan baru untuk penemuan patogen dari sampel yang menantang. Pendekatan dan hasil awal penggunaannya dalam penilaian pembersihan infeksi luka bakar telah dipublikasikan di Mikrobiologi Klinik dan Infeksi jurnal.

“Pendekatan ini memungkinkan untuk menangkap aktivitas fungsional waktu nyata dari jumlah mikroba yang sangat kecil. Ini dapat digunakan untuk menyelidiki dengan andal aktivitas mekanisme resistensi obat mikroba dan mekanisme mikroba lain yang relevan dengan infeksi atau pengobatannya. Ini membantu untuk memahami apakah penyebabnya. mikroba hidup atau mati dan apa yang mereka lakukan, “kata ahli bioinformatika Matti Kankainen, PhD, dari Universitas Helsinki.

Teknik menjelaskan aktivitas patogen

Prinsip dasar dari teknik ini adalah sebagai berikut: sampel klinis diambil dari pasien dan RNA-nya, yang mendasari proses biologis, diekstraksi. Selanjutnya, RNA mikroba diperkaya untuk memperbesar informasi patogen. RNA diurutkan dan sejumlah besar data yang diperoleh dianalisis dengan algoritma baru.

Untuk memahami nilai pendekatan dalam praktik klinis, para peneliti menerapkan solusi mereka pada kasus infeksi luka yang rumit. Subjek penelitian adalah pasien infeksi luka yang telah dirawat dengan beberapa kali terapi antibiotik selama hampir seratus hari tidak berhasil. Terlepas dari terapi, infeksi berulang. Secara singkat setelah dimulainya rejimen antibiotik keempat, para peneliti mengumpulkan sampel dari tempat infeksi. Sampel dianalisis menggunakan pendekatan mereka serta dengan bantuan profil gen DNA 16S yang lebih umum. Sampel yang sesuai dikumpulkan juga dari subjek kontrol.

Rejimen antibiotik keempat terbukti efektif dan meredakan gejala. Hasil yang diperoleh dengan menggunakan pendekatan baru menyetujui presentasi klinis dan mengkonfirmasi eliminasi patogen. Selanjutnya, mereka mendemonstrasikan pemulihan mikrobiota normal. Perubahan mikrobiota serupa tidak terlihat di profil 16S. Sebaliknya, kandidat patogen infeksi diidentifikasi, karena kerusakan DNA yang lambat.

Metatranscriptomics mungkin bisa menjadi jawaban untuk mendiagnosis penyakit menular

Pendekatan yang digunakan dikenal sebagai metatranscriptomics. Ini memungkinkan penentuan komprehensif aktivitas gen mikroba. Penggunaannya menjadi semakin umum, tetapi masalah yang terkait dengan penanganan dan analisis sampel mikroba inang yang menantang telah mencegah penggunaan metatranscriptomics yang lebih luas secara klinis.

“Temuan kami menunjukkan bahwa solusi kami juga cocok untuk sampel yang menantang yang mengandung mikroba dalam jumlah sangat kecil. Selain identifikasi patogen, solusi ini juga dapat digunakan untuk menandai interaksi mikroba inang. Dengan demikian, solusi ini dapat menjelaskan mekanisme penyakit yang belum teridentifikasi. Kami akan melakukannya. mengembangkan teknik ini lebih lanjut sebagai bagian dari studi infeksi yang sedang berlangsung di laboratorium kami. Pekerjaan lebih lanjut juga akan berfokus pada pemahaman spektrum aplikasinya, “kata Esko Kankuri, dosen farmakologi di Universitas Helsinki.

Peneliti Pascadoktoral Teija Ojala dari Universitas Helsinki mengembangkan pendekatan baru. Selanjutnya, Ojala akan memanfaatkan teknik tersebut untuk memajukan pemahaman kita tentang penyakit virus corona COVID-19.

Proyek ini didanai oleh Finnish Cultural Foundation dan Academy of Finland. Proyek ini juga merupakan bagian dari proyek ujung tombak yang berfokus pada resistensi antibiotik yang aktif di Helsinki Institute of Life Science (HiLIFE), Universitas Helsinki. Pengembangan dan produksi lebih lanjut dari solusi tersebut telah dimulai dengan PerkinElmer Finland Oy, Immuno Diagnostic Oy, VM IT Oy dan Orinoco Oy dalam sebuah proyek yang didanai oleh Business Finland.

Untuk Informasi Lebih lanjut silahkan Kunjungi : Lapak Judi

Author Image
adminProzen