Souporcell dapat membantu penelitian obat dan malaria yang dipersonalisasi – ScienceDaily

Souporcell dapat membantu penelitian obat dan malaria yang dipersonalisasi – ScienceDaily


Metode komputasi baru untuk menugaskan donor dalam eksperimen pengurutan RNA sel tunggal menyediakan cara yang akurat untuk mengungkap data dari campuran orang. Metode Souporcell, yang dibuat oleh para peneliti Wellcome Sanger Institute dan kolaborator mereka dapat membantu mempelajari bagaimana varian genetik pada orang yang berbeda memengaruhi gen mana yang diekspresikan selama infeksi atau respons terhadap obat.

Diterbitkan minggu ini di Metode Alam, perangkat lunak tersebut dapat meningkatkan efisiensi percobaan sel tunggal, membantu penelitian tentang transplantasi, pengobatan pribadi, dan malaria.

Pengurutan RNA sel tunggal (RNAseq) dapat mengungkapkan dengan tepat gen mana yang diaktifkan di setiap sel individu, mengungkapkan jenis sel dan apa yang mereka lakukan. Mengumpulkan banyak sel orang ke dalam eksperimen RNAseq sel tunggal membantu mengidentifikasi bagaimana genom yang berbeda memengaruhi ekspresi gen ini. Namun demikian penting untuk dapat memisahkan data yang dihasilkan oleh individu, yang bisa sangat sulit.

Para penulis menguji Souporcell * terhadap tiga metode komputasi lainnya menggunakan sel plasenta, garis sel induk berpotensi majemuk ** dan parasit malaria.

Haynes Heaton, penulis pertama dari Wellcome Sanger Institute, mengatakan: “Metode kami, yang disebut Souporcell, mampu memisahkan campuran sel individu dalam eksperimen scRNAseq tanpa mengetahui urutan genom lengkap setiap individu sebelumnya, tidak seperti metode sebelumnya. Salah satu kuncinya Ciri-ciri metode ini adalah memperkirakan jumlah RNA latar belakang dari sel-sel mati, yang sering disebut sebagai sup. Ini kemudian memungkinkan pembuangan sumber kebisingan tersebut, dan karenanya dinamai Souporcell. “

Mampu menggabungkan sel ke dalam satu eksperimen akan meningkatkan akurasi, memungkinkan lebih banyak informasi ditemukan, dan juga mengurangi biaya eksperimen ini.

Dr Martin Hemberg, penulis senior dari Wellcome Sanger Institute, mengatakan: “Urutan genetik yang tepat dari setiap orang dapat mempengaruhi respons mereka terhadap infeksi, atau perawatan obat. Metode baru memungkinkan data ekspresi sel tunggal dari banyak orang untuk dianalisis, untuk menunjukkan hubungan antara genotipe dan fenotipe, pada penyakit dan keberadaan obat. Ini akan berimplikasi pada pengobatan yang dipersonalisasi. “

Selain itu, beberapa sampel secara inheren memiliki campuran sel dengan genom berbeda, termasuk sampel dari pasien transplantasi yang memiliki sel asli dan sel dari donor, atau populasi parasit, seperti malaria, dari individu yang terinfeksi.

Dr Mara Lawniczak, penulis senior dari Wellcome Sanger Institute, mengatakan: “Metode ini membantu kami memahami malaria. Orang-orang dapat terinfeksi berbagai jenis malaria sekaligus, tetapi kami tidak tahu bagaimana jenis-jenis ini bersaing satu sama lain. mereproduksi. Bahkan untuk mengajukan pertanyaan, kami harus mampu memecah sel dari strain malaria yang berbeda, dan Souporcell memungkinkannya. “

Sumber Cerita:

Materi disediakan oleh Wellcome Trust Sanger Institute. Catatan: Konten dapat diedit untuk gaya dan panjangnya.

Untuk Informasi Lebih lanjut silahkan Kunjungi : HK Prize

Author Image
adminProzen